Рубрика Пескина "Эпидемические хроники"

[posic]

Евгений Пескин, в своей рубрике "Эпидемические хроники", расшарил в Фейсбуке https://www.facebook.com/eugene.peskin/posts/3899355800123309 запись Глеба Кузнецова https://www.facebook.com/gleb.kuznetzov/posts/3688021104652565 , которую я копирую сюда для сохранности:

-----

Вот статья в Financial Times – не в "Копейском рабочем" – о том что вакцина от AstraZeneca не показывает значимой эффективности для снижения тяжелых случаев\госпитализаций\смертей при заражении южно-африканским «штаммом» Ковид-19. Вся мировая пресса отписалась после. Целый президент ЮАР принял решение остановить вакцинацию аденовирусной вакциной AstraZeneca. Австрийский канцлер тотально изолировал Тироль от мира и повелел остальной Австрии сидеть в изоляции.

Рассуждая об опасности новых штаммов, Меркель, приказала сидеть в локдауне до середины марта, а на упавшие цифры заболевших\занятых коек даже не смотреть. И задрав штаны побежали за немецким комсомолом лидеры свободной Европы. Потому что «варианты» и недействующие вакцины.

Как это делаетcя ручками? Ручками это делается так. Неким провинциальным университетом проводится «исследование», куда записывается 2000 крепких южноафриканцев возрастом вокруг 30. И выясняется что ни в контрольной, ни в вакцинированной группе разницы по смертности\тяжелому течению\госпитализации нет. Потому что ни в контрольной ни в вакцинированной группе нет ни смертей (вообще), ни тяжелого течения, ни госпитализаций толком.

Какие выводы может сделать из этого ученый прошлого (кончившегося в 31.12.19)? Например, что группу вокруг 30 вакцинировать никакой вакциной вообще не надо. И вообще группу вокруг 30 и раньше надо выпустить в пампасы, чтобы она жила себе спокойно, ела себе в ресторанах, пила вино, училась в университетах своих и путешествовала между странами. И смотреть на следующую возрастную группу – вокруг 40 – на тот же предмет.

Но ученые из йоханесбургского университета WITC это правильные современные ученые. И на основании того, что разницы в значимых показателях между вакцинированными и невакцинированными группами нет, а сами испытуемые не принадлежат к группам риска, исследователи аккуратно заявляют, что не могут сделать выводы об эффективности «оксфордской вакцины» для варианта B.1.35. «Но у людей она слыхала», что согласно не прошедшим рецензирование публикациям британских ученых «южноафриканский» штамм B.1.35 менее подвержен нейтрализации антителами, возникающими при использовании оксфордской вакцины.

То есть исследование мы сделали. Сказать ничего по его результатам не можем (зачем сделали в таком дизайне, спрашивается?), но есть нерецензированное мнение смежников, что … . На эту тему пишется статья и публикуется в соответствии с лучшими научными практиками 2020 также без всякого рецензирования.

Вот тут, наконец, наступает очередь большой прессы. И статья в Financial Times выходит с заголовком: «Исследование показало, что Оксфордская вакцина не способна препятствовать развитию тяжелого ковида и ковида средней тяжести при заражении «южноафриканским штаммом». И пошло-поехало.

Что мы имеем в результате. Мы имеем набор из десятка штаммов, все из которых найдены и описаны еще осенью. Для пущей интересности им присвоили географические номинации. Надо понимать, что их реальный ареал мало связан с названием. Например, Австрия – вторая страна в мире по распространению ЮАР-штамма, а британский штамм вообще везде в Европе циркулирует. Есть политическое решение, что эти разновидности «более трансмиссивны», «более смертоносны» и вообще «более».

Любопытно, что в Британии целых четыре независимых группы ученых-вирусологов – и военных, и штатских – работали только над доказательствами того, что «британский штамм» распространяется и убивает в соответствии со словами их премьер-министра. И толком ничего не доказали, сосредоточившись на пробабли, хайли лайкли и ит симс. Потому что даже очень крутому эквилибристу-мошеннику от науки очень тяжело доказать, что респираторный вирус зимой распространяется быстрее, чем летом в силу особенностей вируса, а не потому что летом он распространяется в другой среде и в других условиях. Впрочем, политическим решениям "аккуратность" ученых не мешает, правильную интерпретацию докручивают политики и журналисты.

Вообще, уже в новом 2021 году в Европе произошел качественно новый скачок интерпретации вируса.

Во-первых, воспользовавшись историей со «штаммами» политики полностью и вполне официально отвязали принимаемые карантинные меры от ситуации с заболеваемостью\смертностью\заполняемостью больниц.

Старая логика 2020 – «растет-карантиним, снижается – ослабляем» сегодня мертва. Снижается – карантиним еще больше. Потому что коварный ботсванийский штамм уже стучится в наши двери. И мы наконец-то все умрем.

Во-вторых, наука эпидемиология перестала быть вообще на всем пространстве от Тель-Авива до Лондона и от Берлина до Лиссабона. А вирусология, убоявшись смерти в мучениях своей бывшей товарки, полностью перешла к обслуживанию и оправданию политических решений.

Теперь заменой одной аминокислоты в одном белке на поверхности вируса можно объяснить вообще все – и разную смертность от вирусных инфекций зимой и летом, и принципиальную недостижимость «коллективного иммунитета» хоть с вакциной, хоть всеобщим инфицированием.

В принципе, именно эти решения 21года уже открывают дорогу к тому, что эта музыка реально может быть вечной. Даже интересно, как ситуация будет двигаться дальше. И если вдруг понадобиться заканчивать, как все это будут отыгрывать назад.

Comments

[kobak.livejournal.com]

Ничего не могу сказать про действие этой вакцины на южноафриканский штамм, но то, что автор этого текста походя говорит про британский штамм, показывает его полную неосведомленность (ну или сознательную манипуляцию, тут уж не знаю).

[posic.livejournal.com]

А для вас, Дмитрий, у Пескина имеется следующее замечание -- https://www.facebook.com/eugene.peskin/posts/3898103476915208

[kobak.livejournal.com]

Спасибо за ссылку. Не видел эту запись (у меня нет фейсбука).

К этой статье в Медузе я не имею отношения, они со мной при подготовке этого материала не говорили. Так что полемика Пескина с редакционными утверждениями Медузы — это не ко мне.

Что же касается замечания Пескина к моим расчетам, то на них мне не трудно ответить. Для удобства процитирую:

К этим расчетам у меня есть одно существенное замечание: Кобак использует как базу для вычисления избыточной смертности 2020 года - сначала интерполированную тенденцию 2015-2019 гг., по которой смертность в России быстро сокращалась. Или сравнение с 2019 г. Однако именно 2019 г. из-за мягкой зимы и мягкой же эпидемиологической обстановки во многих странах Европы оказался рекордно низким по смертности, вне тенденций.
В таких странах, в т.ч. в России это создало "навес" из уязвимых, хрупких пациентов, который обрушился в 2020 г., перераспределив смертность с 2019 на 2020 гг. (Аналогичная ситуация в Швеции). Таким образом, нужна как минимум альтернативная оценка избыточных смертей 2020 г.

Никакой рекордно низкой, "вне тенденций", смертности в 2019 году в России не было, как легко видеть на этом графике:


https://raw.githubusercontent.com/dkobak/excess-mortality/main/img/yearly.png

Смертность в 2019 году была ниже, чем в 2018, но это было не "вне тендеции", а продолжало тенденцию последних примерно лет пятнадцати, в течение которых смертность монотонно убывала.

Понятно, что экстраполяция — дело такое, ненадежное, поэтому вокруг моей оценки избыточно смертности в 360 тыс. есть доверительный интервал (если интересно, то 95% доверительный интервал у меня получается примерно от 310 до 410 тыс.), который соответствует погрешности экстраполяции.

Интересно было бы услышать оценку Пескина.

У меня нет Фейсбука, но если Вы захотите ему передать эту ремарку, или дать ссылку на этот мой комментарий, то буду благодарен.

[eugenegp.livejournal.com]

Спасибо за приглашение к обсуждению.
Выводы исследования сделаны по набору данных, изолированному от дополнительной информации. Мое замечание, если пройти по нему подробно, заключается в том, что по другим наборам данных мы знаем, что 2019 год дал необычно низкую зимнюю смертность во многих странах Европы. Это можно заметить, например, на графиках https://euromomo.eu/graphs-and-maps (например, см. Австрию, Бельгию, Италию, Ирландию, Швецию, етц.) Мы предполагаем, что знаем и причину: теплая и благоприятная в эпидемиологическом отношении зима.

Мы также знаем, что такие события формируют "навес" хрупких пациентов, которые умрут в ближайшую зиму или эпидемию (или другое неблагоприятное событие). Это т.н. эффект жнеца. (Ровно как можно уверенно предсказать, что после окончания эпидемии ковида смертность некоторое время будет ниже среднегодовых значений доковидных времен по всему миру.)

Таким образом, чтобы вычислить ожидаемую точку 2020 с учетом тренда, нужно не только понимать, что 2019 был нехарактерным, но и добавить (вычесть) к ожидаемым данным 2020 "недобор" предыдущего года.

Точно так же на графике, который использует Дмитрий, можно увидеть очень резкое падение смертности в 2011. Это падение сформировано за счет продолжения тренда падения смертности предыдущих лет и эффекта избыточной смертности, вызванной климатической аномалией и пожарами 2010 года. Эта избыточная смертность добавилась к 2010 и вычлась из 2011.

Как я написал выше, можно также предсказать, что в России один-два года после окончания эпидемии дадут смертность ниже среднегодовой за счет описанного эффекта. На основании этого график "возобновит" падение. Однако это в значительной мере будет вовсе не продолжение тренда. Истинная величина тренда может быть рассчитана только с учетом (крупных) эффектов жнеца.

В качестве более мелкого замечания отмечу, что использование линейного тренда для прогнозирования смертности (даже если убрать соображения о 2019 г) мне представляется совершенно произвольным (а следование ему — маловероятным).

Другое замечание — для вывода единой тенденции смертности по 15 годам необходим анализ возрастной структуры населения и показателя смертности на душу населения. Например, с 2002 по 2017 гг. доля населения 60+ в России выросла с 18,5% до 20,8%.(https://isp.hse.ru/data/2017/12/20/1159973591/Prokofieva_TR%20services%20PA.pdf) Вообще использование ненормированного числа смертей для анализа на интервале дольше 5 лет мне представляется некорректным. В данном случае, однако, эти данные скорее поддержат тенденцию падения смертности в России (которую в целом я подтверждаю, если это вдруг нужно).

Делать свою оценку избыточной смертности в России я не планирую.

[kobak.livejournal.com]

Спасибо за ответ.

Со многими пунктами в Вашем комментарии я согласен.

Но я так понял Вашу запись в фейсбуке, что Вы предполагаете, что без ковида в 2020 году смертность в РФ была бы более высокой, чем в 2019 из-за того, что 2019 год "во многих странах Европы оказался рекордно низким по смертности, вне тенденций", и дальше Вы пишете "в т.ч. в России".

Смысл моего ответа был в том, что он вне тенденций не был. Я не совсем понял из Вашего ответа, согласились Вы со мной или нет.

Если бы Вы привели Вашу оценку, то можно было бы посмотреть, как она согласуется с моей оценкой в 360 тыс. плюс минус стандартная ошибка 25 тыс. Но на нет и суда нет.

[eugenegp.livejournal.com]

Я не согласился с тем, что значение 2019 для России определено долгосрочным трендом. ЕМНИП, я видел и данные по аномально низкой смертности от болезней органов дыхания для Москвы 2019 (я делал тогда пост-набросок плюсов мягкой зимы для города), но сейчас быстро их найти не смог.

[kobak.livejournal.com]

Я не понимаю, как Вы можете смотреть на картинку, которую я запостил выше, и говорить, что 2019 год на этой картинке выбивается из тренда.

Но хорошо — давайте я пойду Вам навстречу. Довольно сильное падение было с 2006 на 2007 (предположим, там был мягкий грипп), и после этого смертность в 2008 была почти такая же, как в 2007, т.е. дальше не упала.

2006: 2,165,742
2007: 2,080,068
2008: 2,080,962

Следующее довольно сильное падение было с 2016 на 2017, и после этого в 2018 смертность снова осталась такой же, как была в 2017. То же самое.

2016: 1,887,913
2017: 1,824,340
2018: 1,827,827

В обоих случаях после падения на 60-80 тысяч следует два года с почти одинаковой смертностью.

В 2019 смертей было 1,800,683, т.е. падение с 2018 составило примерно 30 тысяч. Если Вы хотите считать это таким же большим падением, как и в двух вышеописанных случаях (хотя это падение было в два раза меньше!), то в 2020 можно было бы ожидать такой же смертности, как и в 2019.

Но уж явно никак не выше, чем в 2019! Согласны?

[eugenegp.livejournal.com]

Видимо, мне не удалось донести мысль, с объяснения которой я начал свою первую реплику. По использованному датасету ("картинке") нельзя говорить того, что сказал я. По ней 2019 в тренде.
Но я _знаю_, что фактическое значение 2019 обусловлено не трендом, знаю из-за событий в предметной области. Более того, для меня отсутствие в 2019 такого большого падения, как можно было бы предположить, является сигналом о возможной остановке тренда.

Мне так же понятно (уверен, что и Вам), что с учетом предметной области тренд выходит со временем на плато.

В чем я соглашусь — высказанная мной аргументация (без привлечения дополнительных уточненных данных) заслуживае корректировки оценки примерно на 10% (вниз).

[kobak.livejournal.com]

А, теперь понял. Вы предполагаете, что 2019 год на моем графике кажется лежащим на тренде, потому что там одновременно наложились два разных фактора, действующие в разные стороны: (1) нисходящий тренд остановился и вышел на плато; (2) необычно легкий сезон гриппа привел к уменьшению смертности.

На мой взгляд, такое рассуждение не выдерживает бритвы Оккама — по крайней мере если нет убедительных свидетельств тому, что 2018/2019 сезон гриппа в России был настолько сильно легче сезонов в предыдущие годы, что это должно было заметно отразиться на числе *общей* смертности по *всей* стране. (Я не видел таких свидетельств, но с интересом бы ознакомился.)

Так или иначе, корректировка моей оценки (360 тыс.) на 10% вниз (до, грубо, 325 тыс.) лежит в моем 95% интервале (310--410), так что расхождение между нашими оценками является хоть и довольно существенным, но не принципиальным.

[eugenegp.livejournal.com]

Вероятно, разговор будет более предметным, если сказать, что предполагаемый мной для данной дискуссии эффект от мягкого 2019 г: падение фоновой смертности могло составить до 3-4%.
Эту цифру мы получаем, если используем для референса ту же Швецию.

[kobak.livejournal.com]

Вы хотите сказать, что кол-во смертей в 2019 (1,800,683) было бы на 3-4% больше, если бы грипп в том сезон был не мягкий, а обычный? То есть где-то 1 миллион 860 тысяч? Это число гораздо больше, чем кол-во смертей в 2018 и 2017, и почти на уровне 2016 года.

По-моему, простой взгляд на мой график показывает невероятность такого предположения.

[eugenegp.livejournal.com]

Я еще раз обращаю внимание, что дело не только/сколько в гриппе, а в крайне мягкой зиме.

Не могли бы вы пояснить, что невероятного в формировании длинной полки или смене тренда?

Почему в Швеции было возможно разовое снижение смертности такой амплитуды, а России вы отказываете в этом?

[kobak.livejournal.com]

В выходе на плато я ничего невероятного я не вижу. В резком счачке наверх (обратно к уровню 2016 года после 2018 года — напоминаю, мы говорим о сценарии, при котором в 2019 была бы не "крайне мягкая зима", а обычная зима, и обсуждаем, какая смертность была бы в 2019 в этом гипотетическом случае) после 15 лет монотонного падения вниз — вижу.

[sunch.livejournal.com]

Про ЮАРовский у него тоже ерунда написана. Исследование было остановлено после того как легко/средне-тяжело заболело 19 человек из вакцинированной группы против 23 из плацебо (а не потому, что никто не заболел тяжело). Соответственно весь пафос про "сказать ничего не можем" - мимо кассы.

[avva.livejournal.com]

Текст почти целиком вранье про южноафриканское исследование.

Например, утверждается: "И статья в Financial Times выходит с заголовком: «Исследование показало, что Оксфордская вакцина не способна препятствовать развитию тяжелого ковида и ковида средней тяжести при заражении «южноафриканским штаммом». И пошло-поехало". Реальный заголовок: Oxford/AstraZeneca jab fails to prevent mild and moderate Covid from S African strain, study shows. Сравниваем "тяжелого ковида и ковида средней тяжести" с "mild and moderate".

[kobak.livejournal.com]

Спасибо.

Но про британский штамм просто полный бред же!

Потому что даже очень крутому эквилибристу-мошеннику от науки очень тяжело доказать, что респираторный вирус зимой распространяется быстрее, чем летом в силу особенностей вируса, а не потому что летом он распространяется в другой среде и в других условиях.

Вот картинка по датским данным — сюрприз, они все зимние!


https://covid19genomics.dk/statistics

Красные части столбиков — это британский штамм. Доля увеличивается каждую неделю.

[kobak.livejournal.com]

Для памяти оставлю тут ссылку на схожий анализ по последним данным из Швейцарии: https://ispmbern.github.io/covid-19/variants/