Что касается Вашего общего тезиса, что отсутствие альтернатив не является само по себе аргументом, то я согласен. Обычно, все-таки, такой аргумент буквально никто и не выдвигает. Или он появляется как сокращение такого аргумента: "Теория естественного отбора объясняет огромное количество фактов, гораздо больше, чем любая альтернативная теория". Замечу, что уже поэтому эта теория вряд ли может оказаться ложной. Теория флогистона и близко не стояла по объяснительной силе к теории естественного отбора.

Агностическая позиция может рассматриваться. В принципе. Но не в ситуации, когда имеющаяся теория успешно объясняет множество фактов. Разве что если мнению профессиональных биологов Вы не доверяете, а самому удостовериться времени нет.

Насчет Ваших конкретных сомнений по поводу дарвинизма, могу только сказать, что у меня нет никакой интуиции, может ли появиться работающая программа путем стохастического направленного блуждания. Обычно мы так программы не пишем, откуда же взяться интуиции? Мой здравый смысл молчит, а ссылка на Ваш не убеждает :) Остается взять и попробовать. Я думаю, теоретические биологи этим (компьютерным моделированием естественного отбора) занимались и до сих пор занимаются, но каковы результаты - не знаю.